Daerah Raja Ampat merupakan daerah kepulauan, dengan satu - satunya sarana transportasi yang bisa digunakan oleh masyarakan sekitar adalah transportasi angkutan laut. Transportasi ini digunakan baik untuk menjangkau ibu kota kabupatennya ( Waisai ) ataupun sebaliknya. Dengan empat pulau utama yang berada dikawasan ini menjadikan keunikan tersendiri bagi Anda yang melancong ke destinasi wisata Raja Ampat. empat pulau yang dimaksutkan adalah Batanta, Misool, Salawati dan Waigeo. Sebutan atau nama dari Raja Ampat sendiri diambil dari mitos penduduk sekitar yang apabila diartikan kedalam bahasa indonesia mempunyai makna Empat Raja.
Para wisatawan yang berasal dari penjuru dunia sengaja datang objek wisata di Papua ini untuk menikmati keindahan pulau dan keunikan wisata bawah lautnya, serta menjelajahi dinding - dinding bawah laut dengan cara menyelam. Disini wisatawan juga bisa mengarungi gugusan kepulauan besar dan kecil, pegunungan, hutan tropis, untaian karang laut, pantai pasir putih serta keaneka ragaman kehidupan satwa yang ada di kawasan wisata Raja Ampat. Memang boleh dikatakan kalau kekayaan alam seperti ini sangat jarang sekali ada, jadi bersyukur sekali apabila Indonesia memiliki anugrah yang sulit untuk dilukiskan dengan kata - kata.
Sejarah atau Legenda dari Raja Ampat
Wisata Raja Ampat memang boleh dibilang sangatlah unik, karena memiliki nilai sejarah atau legenda tersendiri. Legenda dari Raja Ampat sediri muncul dari masyarakat sekitar dan memiliki beberapa versi cerita yang diwariskan dari generasi ke generasi ( turun - temurun ) mengenai cerita legenda asal - usul nama Raja Ampat sendiri. Adapun salah satu versi cerita legenda dari Raja Ampat yang beredar di kehidupan masyarakat asli sekitar adalah sebagai berikut.
Dijaman dahulu ada sepasang suami istri hidup dengan sederhana di Teluk Kabui Kampung Wawiyai, pasangan suami tersebut mempunyai pekerjaan sebagai perambah hutan, yang kegiatan sehari - harinya pergi untuk mencari bahan makanan. Mereka bahu membahu menyusuri hutan agar cepat mendapatkan apa yang mereka harapkan. Kemudian dalam perjalanannya mereka sampai di tepi Sungai Waikeo, dan beristirahat melepas lelah. Selama mereka beristirahat mereka melihat lima butir telur yang letaknya tidak jauh dari mereka beristirahat. Setelah itu mereka dekati dan ternyata telur - telur tadi merupakan telur dari Naga. Karena merasah menemukan telur - telur yang aneh, mereka membungkus dalam sebuah noken ( noken = kantong ) dan dibawah pulang ke rumahnya. Setelah sampai rumah telur - telur yang mereka temukan tadi disimpan di dalam kamar.
Waktu mulai berganti dan malampun mulai datang, telur - telur yang tadi mereka simpan didalam kamar mengeluarkan suara bisikan, merekapun penasaran dan mencoba mengintip dari balik pintu kamar. Setelah mereka melihat kejadiannya, betapa kagetnya kedua pasangan suami istri tadi, karena melihat kelima telur yang disimpan menetas dan berwujud empat anak laki - laki dan yang satu perempuan. Kelima anak tadi memakai pakaian halus yang menandakan bahwa mereka adalah keturunan dari seorang Raja.